Aktualnie funkcjonuje 114 instytutów badawczych, które prowadzą badania w niemal wszystkich obszarach nauki - począwszy od nauk technicznych i ścisłych, przez przyrodnicze, rolnicze i medyczne, aż po nauki społeczne. Zdaniem pomysłodawców ustawy, to za dużo, bo prowadzi do rozpraszania zasobów.
Instytuty nie są w stanie osiągnąć efektu skali, co skutkuje niewielką liczbą dużych i wartościowych projektów (szczególnie z komponentem międzynarodowym), nieefektywną polityką zakupową, ułomną obsługą procesów komunikacji z rynkiem i zarządzania własnością intelektualną, komercjalizacją i transferem wiedzy do gospodarki. Odrębne organizacje nie uczą się od siebie, a brak koordynacji zakupów powoduje nieefektywność między innymi w zakresie wykorzystania aparatury naukowej. Jak pokazały dane zebrane przez MNiSW, nawet w instytutach o wysokiej pozycji naukowej (kategoria naukowa A) infrastruktura badawcza bywa wykorzystywana w 50-70%.
Dzięki powstaniu Narodowego Instytutu Technologicznego przedsiębiorcy mają zyskać łatwiejszy dostęp do badań naukowych i prac rozwojowych prowadzonych przez wszystkie instytuty wchodzące w skład NIT, który stanie się istotną częścią systemu innowacji.
